Emmanuelle Bertrand se forme aux conservatoires de Lyon et de Paris. Lauréate de plusieurs concours internationaux et soutenue à ses débuts par Henri Dutilleux, elle mène une carrière de soliste et de chambriste, en particulier aux côtés du pianiste Pascal Amoyel.

Sa discographie met en lumière le grand répertoire du violoncelle, la musique française des XXe et XXIe siècles et des œuvres rares. Elle participe également à des projets scéniques et historiques, comme la reconstitution du « Poilu », violoncelle de guerre de Maurice Maréchal. Elle enseigne le violoncelle au CNSMD de Paris.