Né en 1982, Raphaël Merlin débute la musique à six ans au CNR de Clermont-Ferrand (violoncelle, musique de chambre, piano, composition, piano jazz). Il entre en 1997 au CNR de Boulogne-Billancourt, où il étudie le violoncelle avec Xavier Gagnepain, la musique de chambre avec Hortense Cartier-Bresson et la direction d’orchestre avec Janos Komives, avec un premier prix dans chaque discipline. Reçu en 2001 dans la classe de Philippe Muller au Conservatoire de Paris (CNSMDP), il en sort quatre ans plus tard avec un diplôme de formation supérieure. De 1997 à 2002, il est le pianiste du Wildflower Quartet, formation de jazz.

En 2002, il rejoint le Quatuor Ébène, premier prix du concours de l’ARD de Munich en 2004 et Victoires de la musique en 2009 et 2020 ; il en est le violoncelliste jusqu’en 2023 et enregistre avec lui pour Erato (Warner Classics). Parallèlement, il développe une activité de chef : il fonde en 2014 Les Forces Majeures, orchestre réunissant des ensembles de musique de chambre et connu pour ses tournées à vélo, avec un disque Rossini avec la mezzo Karine Deshayes (Aparté, 2016) puis des concertos d’Offenbach et de Gulda avec Edgar Moreau (Erato, 2019). Il est directeur artistique et musical de l’Orchestre de Chambre de Genève depuis 2023 et, depuis janvier 2026, de l’Orchestre de Chambre Nouvelle-Aquitaine, où il succède à Jean-François Heisser.

Compositeur, il a écrit Eléa, concerto pour quatuor à cordes et orchestre créé en 2011 à Munich avec le Quatuor Ébène, Pas de Deux pour violon et violoncelle (Concertgebouw d’Amsterdam, 2012) et See: Sea & Seeds. Si !, concerto pour violoncelle et cordes créé en 2016 au Lockenhaus Festival. Sa pièce La Jeune Fille, première commande du Quatuor Magenta, créée à la Philharmonie de Paris le 10 janvier 2026, rend hommage à Winnaretta Singer.

Pédagogue, titulaire du CA, il a enseigné le violoncelle au CRR de Boulogne-Billancourt, est professeur de musique de chambre à la Hochschule für Musik und Theater de Munich depuis 2020 et enseigne à la Haute École de Musique de Lausanne depuis septembre 2025.