Né le 12 avril 1961 à Avignon, Christophe Rousset grandit à Aix-en-Provence, où il découvre l’art lyrique par le festival. Il apprend d’abord le piano, puis le clavecin à treize ans. Il étudie la discipline à la Schola Cantorum de Paris avec Huguette Dreyfus, de 1980 à 1983, puis au Conservatoire royal de La Haye avec Bob van Asperen. À vingt-deux ans, il remporte le premier prix du septième concours de clavecin de Bruges, en 1983.

Il joue d’abord dans les ensembles de William Christie et de Philippe Herreweghe, participe en 1987 à la reprise d’Atys de Lully sous la direction de William Christie, et partage en 1988 avec lui la direction des Leçons de Ténèbres de Charpentier au Palais Garnier. En 1991, il fonde son propre ensemble baroque, Les Talens Lyriques, dont le nom reprend le sous-titre des Fêtes d’Hébé de Rameau, d’abord tourné vers le répertoire français (Rameau, Couperin) et l’école napolitaine. L’ensemble signe en 1994 la bande-son du film Farinelli et se produit à l’Opéra national de Paris, à l’Opéra-Comique, au Théâtre des Champs-Élysées, à l’Opéra Royal de Versailles, à La Monnaie, au Theater an der Wien ou au Concertgebouw d’Amsterdam.

Claveciniste, il enregistre Louis et François Couperin, Rameau, d’Anglebert, Forqueray, Royer, Duphly, Scarlatti et l’ensemble des pièces de clavier de Bach, dont L’Art de la fugue (Aparté, 2023) et les Toccatas (Aparté, 2024). Chef d’opéra, il dirige notamment Haendel (Scipione, Riccardo Primo, Serse), Mozart et Salieri (Cublai, gran Kan de’ Tartari, Aparté). Son parcours discographique passe par Harmonia Mundi, L’Oiseau-Lyre, Decca, Naïve, Ambroisie, Aparté, Alpha et Erato. Lisandro Nesis et Alexandra Żebrowska comptent parmi les musiciens qui ont travaillé avec lui.

Il a publié des monographies sur Rameau (Actes Sud, 2007) et sur François Couperin (2016), ainsi qu’un livre d’entretiens (La Rue Musicale / Philharmonie de Paris, 2017). Chevalier de la Légion d’honneur, commandeur des Arts et des Lettres et officier de l’ordre national du Mérite, il reçoit en 2024 le Händel-Preis de la Fondation Händel-Haus et de la Ville de Halle.